二代测序（NGS）技术应用于临床肿瘤精准医学诊断的共识

二代测序（NGS）技术应用于临床肿瘤精准医学诊断的共识

第一版（试行）2016.04.23

中国肿瘤驱动基因分析联盟（CAGC）
中国临床肿瘤学会（CSCO）

共识摘要：

本专家组代表中国临床肿瘤学会（CSCO）及中国肿瘤驱动基因分析联盟（CAGC）提供二代测序（NGS）技术应用于临床肿瘤驱动基因分析的相关指导性建议。专家组由实验室癌症遗传学家、临床肿瘤学家、生物信息学专家、病理学家和其他人员组成。建议内容在多次讨论修改后定为初步共识，主要包括NGS技术应用需求及相关临床样本收集处理、NGS检测内容、测序流程、数据分析、结果报告、技术质量认证和验证等方面的基本要求与规范。

背景：

当今的肿瘤诊治已经进入个体化及精准医学时代，需要充分分析肿瘤从发生到转归的整个疾病进程中的驱动基因及其变异，从而选择有效的靶向治疗方案。为此，中国临床肿瘤学会于2015年9月17日在厦门市召集了我国具有代表性的肿瘤学专家、病理及分子生物学专家及NGS技术专家，成立了“中国肿瘤驱动基因分析联盟”（China Actionable Genome Consortium，CAGC）并启动了精准肿瘤学研究项目（Precision Oncology Initiative，即CAGC POI），确立了整体项目的组织框架和内容框架。CAGC-POI计划第一阶段拟在初步建立二代测序技术（next generation sequencing, NGS）临床应用共识的基础上，在肺癌、乳腺癌、肝癌、胃癌、结直肠癌等恶性实体瘤开展以NGS技术为主的驱动基因谱分析。2015年9月27日经CSCO理事长吴一龙教授与中华医学会会长陈竺院士和陈赛娟院士讨论后决定，将造血系统肿瘤作为第6个瘤种纳入CAGC POI计划，主要是针对白血病等开展较之以前更为广泛的基因变异谱分析。在上述共识建立、主要6个瘤种的变异谱分析验证、优化流程的基础上，将在携带有临床“可靶向作用”驱动基因的患者中，开展相应的靶向精准诊治的实践与试验研究。最终提出适合我国临床肿瘤学实践的NGS检测技术、分析内容、诊治模式的共识、标准和规范，克服NGS实验室与临床应用之间的障碍，提高为肿瘤患者服务的质量和能力。

本阶段共识建立是CAGC POI项目的第一阶段，将由专家组提出NGS技术在临床肿瘤学应用的共识内容。在广泛收集相关的建议和意见的基础上，修订为指导下一阶段技术检测的共识性文件，供肿瘤学相关临床和检测人员等参考。

技术引言：

当今的二代测序技术（NGS）是高通量的大规模平行测序技术，可同步获得肿瘤患者个体特定样本中数十亿以上的DNA碱基序列信息。NGS有明显的通量优势及发现未知基因变异的优势，但是在使用中也存在包括检测技术、数据管理、分析与报告、解读与临床咨询等方面的各种挑战。既往的文献及国际相关共识已经总结和报道了NGS在单基因遗传病、产前诊断等方面的应用。而在临床肿瘤学的实践中，基因检测已经成为精准诊治的前提和核心内容之一，但缺乏统一的共识。肿瘤基因检测范围越来越广，已经由单基因的分析，逐步走向数个至数百个基因的多重分析。在未来，肿瘤临床实践中甚至可能需要针对外显子组、转录组、全基因组、表观遗传组的信息分析和应用。另一方面，由于生物技术也在不断进步，因此可以预见的是，在未来的一段时间，高通量技术NGS在临床诊断和精准治疗中的应用将会在检测技术、分析内容、解读等方面会一直产生变化，也会带来在实践应用中的各种挑战。

在现阶段，我国社会的肿瘤患者数目庞大，驱动基因诊断和检测应用需求巨大。但在实际应用中会因为检测技术的准入门槛低、缺乏临床公认的NGS指导规范，肿瘤诊治中可能存在检测质量低下、结果准确性差，检测结果解读不专业，甚至盲目追求基因检测结果的现象。因此，我国肿瘤学界亟需对当前NGS在临床合理规范的使用进行充分讨论，形成共识予以发布，以指导我国临床肿瘤诊疗中的规范应用。

本技术共识阐述了NGS技术质量需求、临床肿瘤相关NGS检测内容、样本处理、测序流程、数据管理、信息学分析、结果报告解释和咨询等多个方面的内容。本共识也对患者知情同意、测试项目的质控、研究与诊断的应用差别等内容进行了说明。