癌症序列变异解释与报告标准指南

癌症序列变异解释与报告标准指南

ASCO和CAP联合推荐

1. 引言

基于二代测序技术的肿瘤检测已越来越多的应用于临床实验室中，但目前在不同实验室间存在检测方法、报告内容等方面的差异，这对遗传检测的解读以及普及应用造成了一定的影响。因此，在不同实验室间建立统一的分子检测结果的解读和报告标准，及建立行业标准，显得尤为迫切。

在2015年春天，在美国专门成立了一个以临床实验室为核心的工作组，其组成包含了分子病理协会(AMP)、美国医学遗传学与基因组学协会(ACMG)、美国临床肿瘤学会(ASCO)与美国病理学家协会(CAP)的一线专家，该工作组的主要工作为对肿瘤及疑似肿瘤相关的序列变异检测建立检测标准并在行业达成共识。

该工作组首先对北美地区超过40家的临床检测实验室进行了问卷调查，结果显示不同实验室在检测组织类型、检测基因数量、是否检测肿瘤组织全外显子组或全基因组、以及其他细节方面都存在较大差别，此外在不同单位的检测报告的报告内容方面也存在较多差异。该工作组认为，为医疗机构提供分类的遗传变异报告对病人及整个医疗行业都极为重要，包括：提供精确的肿瘤对靶向治疗反应性信息；建立国家级别的医疗指南；以及与临床试验合作，对建立不同实验室间的通用标准提供支持。基于以上这些考量，工作组专家们根据已有数据、文献报道和专业知识，给出以下指南建议。

图1 AMP对NGS技术及NGS结果解读的调研

图注：
A: MAF阈值；B: 变异分类数目；C:报告中是否包含治疗性建议；D: 报告中是否包含潜在的生殖细胞突变；
E: 报告是否包含变异等位频率Variant allele frequency (VAF)；F: 报告是否包含基因组坐标；
G: 报告是否包含转录本ID(Transcript accession)；H: 报告是否包含不符合质控的基因/区间。

2. 术语

dbSNP, The Database of Short Genetic Variation;

ExAC, Exome Aggregation Consortium;

IARC, International Agency for Research on Cancer;

NCBI, National Center for Biotechnology Information;

SNV, single-nucleotide variant;

UCSC, University of California, Santa Cruz;

WHO, World Health Organization;

FDA, Food and Drug Administration;

CNV, copy number variation;

COSMIC, Catalog of Somatic Mutations in Cancer;

HGMD, Human Gene Mutation Database;

indel, insertion and deletion;

LOF, loss of function;

MAF, minor allele frequency;

PG, professional guideline;

TCGA, The Cancer Genome Atlas;

VAF, variant allele frequency.