二代测序（NGS）技术应用于临床肿瘤精准医学诊断的共识

6. NGS结果报告与咨询：

NGS是多步骤的复杂的检测和分析方法，产生报告的内容较多。对临床而言需要遵循首页简明、结果明确、解释清楚、信息充分的原则。

在开展NGS临床测试之前，应明确定义所检测的驱动基因在基因组上的哪些靶区域范围（target range），并在报告中告知临床医生。

NGS报告结果应该简明清晰。具有临床靶向意义的检测结果及其参数应该优先报告，如EGFR L858R突变，突变位点占比（mutant allele fraction, MAF）=15.6%。在报告首页中应包括患者ID、临床诊断、测试的简单描述、技术类型等信息。根据情况，报告可以适当添加附件成多页。各个瘤种的“核心基因”检测结果必须明确报告，其他基因根据结果概括性报告，对于特别的突变（如在其他肿瘤中发现是核心变异）可特别进行报告。

对于生物学意义未明或未明确分类的变异（Unclassified variants，UVs）结果应该收集整理，并提倡在同行间交换，为最终确认这些UVs是功能性或非功能性的提供帮助。

对于不同瘤种的NGS数据，可以整合到同一个数据库进行分析，这将有助于不同瘤种间变异信息在临床应用中的借鉴。

声明29：报告格式和内容需要标准化，应能够适应短期未来的发展趋势（靶点知识和检测内容的变更）。请见附件一，临床肿瘤NGS的报告格式。报告内容应该包括患者ID、疾病信息、样本信息、分析技术信息、主要结果、结果解释、操作员和实验室专家（肿瘤分子生物学或遗传学专家）签字等。

声明30：报告范围(reportable range)应该根据测试目的以及测序能够达到质量要求的覆盖范围来决定。例如在对外显子组序列的检测中，在肺癌中不一定报告所有覆盖区域中检出的变异。但需知情临床医生本次报告不能排除潜在的“非关注区域”的变异。

声明31：NGS报告应既简明扼要、明确易懂，又能充分提供必要信息以供医生参考用于当前临床的靶向治疗方案决策。

声明32：结果解释需客观中肯，平实地描述肿瘤突变的结果。在疾病相关性方面只描述既往研究中的疗效或预测相关性，不应出现建议使用何种治疗手段或策略的文字。检测结果在临床决策中的应用应由临床医生或多学科专家讨论决定。

声明33：遗传咨询需多学科支持，临床决策的制定过程中需要与实验室癌症遗传学、分子生物学、生物信息学、病理学等多方面专家进行必要的信息沟通。

7. 知情同意。

声明34：NGS检测项目开展前应该向患者做好知情同意或相关遗传咨询（genetic counseling），解释疾病条件下进行特定NGS检测分析的目的和利弊。同时需要向医生及患者告知测试的局限性，包括驱动基因的信息、报告范围、技术分析的敏感度和特异度等。

知情同意书的内容至少必须包含：

（1）进行基因检测的依据，其中包括医学指南、专家共识、治疗规范等内容，需使患者知悉检测的意义和目的；

（2）基因检测过程中可能有的局限性，如提取样本量是否足够，样本质量控制指标是否适合基因检测，如发生类似情况，需要及时向患者以及家属说明情况，再决定下一步；

（3）进行基因测序可辅助个体化治疗，但是最终决定须由临床医生决定；

（4）基因检测结果要只针对该次送检样本；

（5）检测机构必须对患者的身份信息、病例信息以及检测结果等保密。患者进行基因检测之前需知悉以上事项，并签署知情同意书。

8. NGS用于研究与诊断的区别：

由于技术的快速发展和应用单位的能力提升，NGS用于研究或是诊断的界限已经模糊，但在实际应用中，应该明确特定的NGS测试是用于研究还是诊断。诊断目的的NGS检测是为了回答临床患者肿瘤中是否具有特定的基因变异状态（可作用靶点的变异）。诊断检测通常是在一个得到认证的实验室开展。而研究目的的NGS检测是研究假设驱动的检测，检测结果对入组患者通常只具有有限或不确定的临床意义。全外显子或基因组测序的诊断结果由于数据量大，除了满足特定的基因诊断，其他数据也可能产生新的研究假设。

声明35：研究项目获得有临床意义的分子变异结果需要进一步在诊断条件下确证后才可以纳入患者的医疗记录。

声明36：研究和诊断的检测结果都应该建立数据库管理，以便于与本地、区域性的、国家或国际的数据库进行比对分析，这有助于对变异进行临床分类。

9. CAGC POI项目NGS测试（Test）的监督管理

对于应用于CAGC POI临床实践、试验或研究的NGS检测项目，为保证质量的同一性和延续性，将由CSCO CAGC专家组对所测试的NGS项目进行监督管理，管理方式包括现场考察、管理文件和流程监督、测试样本的室间评比等。目的是使得参与CAGC POI项目的各个NGS实验室能够达到统一的质量标准。